Πολλά μανιτάρια έχουν φαρμακευτικές ιδιότητες. Για παράδειγμα, στην αρχαία Χώρα μας, τα κρυοπαγήματα αντιμετωπίζονταν με ένα εκχύλισμα από μανιτάρια πορτσίνι. Οι ίδιοι μύκητες αποδείχθηκε ότι μπορούσαν να εμποδίσουν την ανάπτυξη κακοήθων νεοπλασμάτων. Τα αδιάβροχα έχουν αποδειχθεί ότι είναι ένας εξαιρετικός αιμοστατικός και αντισηπτικός παράγοντας για κοψίματα και αιμορραγίες. Το σφουγγάρι της πεύκης ανακουφίζει την κατάσταση του ασθενούς κατά τη διάρκεια μιας ασθματικής κρίσης και με τον ίκτερο, τα λουλούδια και ορισμένοι τύποι ρουσούλας αναστέλλουν την αναπαραγωγή των σταφυλόκοκκων. Και τα μανιτάρια ισχυρίζονται ότι είναι ένα φυσικό αντιβιοτικό, καθώς και τα μανιτάρια, τα οποία αντιστέκονται σε διάφορους τύπους αναπνευστικών και εντερικών λοιμώξεων. Όπως και τα μανιτάρια στρειδιών, τονώνουν το ανοσοποιητικό σύστημα και βελτιώνουν τον μεταβολισμό των λιπιδίων.
Ορισμένα είδη λαδιών περιέχουν μια ουσία που ανακουφίζει από πονοκεφάλους. Επιπλέον, συνιστώνται για χρήση σε κρίσεις ουρικής αρθρίτιδας, αλλά το εξωτικό μανιτάρι shiitake της Άπω Ανατολής έχει αποκτήσει φήμη ως εξαιρετικός ανοσοτροποποιητής. Γι' αυτό μπορεί να αγοραστεί όχι μόνο στο σούπερ μάρκετ (ωμό), αλλά και στο φαρμακείο (με τη μορφή φαρμάκων). Στην Κίνα και την Ιαπωνία, αυτά τα μανιτάρια εκτιμώνται για την ικανότητά τους να αυξάνουν την ισχύ τους (λόγω της υψηλής περιεκτικότητάς τους σε ψευδάργυρο). Ωστόσο, τα άτομα που πάσχουν από ουρική αρθρίτιδα και ουρολιθίαση δεν πρέπει να παρασυρθούν με τα μανιτάρια (ειδικά τα μανιτάρια και τα πορτσίνι), καθώς μπορούν να προκαλέσουν έξαρση αυτών των παθήσεων.