Τα συμπτώματα εμφανίζονται μεταξύ 10 και 15 ημέρες μετά το τσίμπημα του μολυσμένου εντόμου. Ορισμένοι τύποι παρασίτων ελονοσίας (Plasmodium vivax et Plasmodium ovale) μπορεί να παραμείνει ανενεργό στο ήπαρ για εβδομάδες ή και μήνες πριν εμφανιστούν τα πρώτα σημάδια.

Η ελονοσία χαρακτηρίζεται από επαναλαμβανόμενες κρίσεις που περιλαμβάνουν τρεις φάσεις:

• Ρίγη?
• Πονοκέφαλοι
• Κόπωση και μυϊκός πόνος.
• Ναυτία και έμετος.
• Διάρροια (περιστασιακά).

Μία ή δύο ώρες αργότερα:

• Υψηλοί πυρετοί;
• Το δέρμα γίνεται ζεστό και ξηρό.

Τότε η θερμοκρασία του σώματος πέφτει:

• Έντονη εφίδρωση?
• Κόπωση και αδυναμία.
• Το προσβεβλημένο άτομο αποκοιμιέται.

Οι λοιμώξεις από ελονοσία P. vivax και P. ovale μπορεί να υποτροπιάσουν μερικές εβδομάδες ή και μήνες μετά την πρώτη μόλυνση, ακόμη και αν ο ασθενής έχει εγκαταλείψει την περιοχή της μόλυνσης. Αυτά τα νέα επεισόδια οφείλονται σε «αδρανείς» ηπατικές μορφές.