Σε μικρά παιδιά, σε περίπτωση ορμονικής ανωμαλίας, η θεραπεία μπορεί να αποτελείται από ενέσεις Τεστοστερόνη, η δοσολογία και η κανονικότητα της οποίας ορίζονται από τον ενδοκρινολόγο. Αυτή η καλά ακολουθούμενη θεραπεία αυξάνει το μέγεθος του πέους. Όταν το μικροπέος προκαλείται από ιστούς του πέους που δεν είναι ευαίσθητοι στην τεστοστερόνη, αυτή η ορμονική θεραπεία δεν έχει κανένα αποτέλεσμα.

Όσο νωρίτερα ανιχνευτεί το μικροπέος, όσο πιο γρήγορα εφαρμοστεί η θεραπεία, τόσο πιο αποτελεσματική θα είναι. Η θεραπεία μπορεί επίσης να είναι απαραίτητη κατά την εφηβεία. Μετά την εφηβεία, η ορμονική θεραπεία δεν είναι πλέον αποτελεσματική επειδή οι ιστοί δεν αντιδρούν πλέον με τον ίδιο τρόπο.

Χειρουργική αντιμετώπιση του μικροπέους     

Στην ενήλικη ζωή, όταν το μικροπέος δεν έχει αντιμετωπιστεί ή όταν η θεραπεία δεν ήταν επαρκώς αποτελεσματική, η χειρουργική είναι δυνατόν. Ωστόσο, δεν παρουσιάζει πάντα πειστικά αποτελέσματα.

Το τμήμα του συνδέσμου ανασταλτικός του πέους, που πηγαίνει από το πέος στο ηβικό, μπορεί να προσφερθεί. Δεν τροποποιεί το πέος με κανέναν τρόπο, αλλά το αποσπά εν μέρει από το ηβικό, κάνοντάς το να φαίνεται μακρύτερο. Το κέρδος που παρατηρείται είναι 1 έως 2 cm σε χαλαρή κατάσταση και 1,7 cm σε στύση. Αυτή η επιμήκυνση επιτυγχάνεται με το κόστος ενός ασταθούς πέους σε στύση, καθώς είναι λιγότερο καλά προσκολλημένο στην ηβική κοιλότητα, γεγονός που μπορεί να κάνει τη διείσδυση λιγότερο εύκολη.

Ηαυτόλογη ένεση λίπους περιλαμβάνει την ένεση του λίπους του υποκειμένου κάτω από το δέρμα του πέους του. Αυτό δεν επιμηκύνει με κανέναν τρόπο το πέος, αλλά το κάνει οπτικά πιο παχύ. Μόνο ένα μέρος του λίπους που τοποθετείται δεν απορροφάται από το σώμα με την πάροδο του χρόνου (10 έως 50% ανάλογα με το θέμα). Η απορρόφηση μπορεί να είναι ανομοιόμορφη και να οδηγήσει σε εμφάνιση πέους "ροζάριο".

Το μικροπέος μπορεί να έχει σημαντικές ψυχολογικές επιπτώσεις, ιδιαίτερα κατά την εφηβεία, είναι σημαντικό να βοηθηθεί το άτομο και να ληφθούν υπόψη οι αμφιβολίες του.