Επειδή λίγα είναι γνωστά για τις αιτίες του συνδρόμου ευερέθιστου εντέρου, δεν υπάρχει τρόπος να αποτραπεί η εμφάνισή του.

Αλλαγές στη διατροφή και καλύτερη διαχείριση στρες μπορεί να μειώσει την ενόχληση (βλ. παράγραφο Ιατρικές θεραπείες).